南京农业大学植物病理学是国家“211”和“985”工程重点建设学科，也是我国建立最早的国家重点学科之一，是我国植物病理学科/专业的发祥地。源起于金陵大学植物病理学系，1952年全国高校院系调整后成立南京农学院植物保护系植物病理教研组；1981年成为我国首批博士学位授权点，在农业部历次评估中均被评为优秀博士点；1989年成为国家重点学科；2007年所属的一级学科植物保护学成为国家一级重点学科。本学科走出了邹秉文（我国第一位讲授植物病理学的教授）、戴芳澜（首届学部委员）、裘维蕃（学部委员）、方中达、魏景超等一大批中国植物病理学教育的先驱，为我国现代植物病理学的建立和发展奠定了重要基础。
植物病理学学科瞄准国际科学前沿和国家重大需求，围绕建设国际一流植保教学科研基地的目标，在引领学科发展、培养植保人才、推动行业进步等方面做出应有的贡献。本学科现有教授23名、副教授15名，包括国家杰青和CJ学者8人次，国家级领军人才4人次，国家优青等四青人才12人次，拥有国家基金委创新群体和科技部创新团队各1个，部省级创新团队6个。每年招收博士生30余人、学术型硕士生50余人和专业型硕士生60余人。
植物病理学系下设卵菌与真菌分子生物学、细菌分子生物学、植物病毒学、植物线虫学等10个实验室，实验室以保护我国粮食作物和经济作物的生产安全为目标，围绕病原有害生物的致害机理、病原微生物与寄主植物互作、植物免疫学等研究方向，深入揭示病害发生、致病和流行的规律，提出病害治理的新策略，深入挖掘和创制持久广谱的作物抗性资源，为农作物重要病害的绿色防控提供新理论和新技术。
本学科近10年来主持国家自然科学基金委创新群体、国家重点研发专项、国家自然科学基金重点项目、重点国际合作、面上项目等项目200余项，取得的研究成果在Science、Nature、Nature Communications、PNAS、Plant Cell、Current Biology、eLife、PLoS Pathogens、Molecular Plant Pathology、MPMI等国际权威期刊发表SCI论文800余篇。获得教育部自然科学一等奖、教育部科技进步一等奖、国家级教学成果奖二等奖、全国创新争先奖、大北农科技奖等奖项。骨干成员担任PLoS Pathogens、MPP、MPMI等国际SCI期刊编委，并担任重要国际学术会议主席，受邀在MPMI等重要国际学术会议做特邀报告。
已与美国加州大学、康奈尔大学、伊利诺伊大学、英国Sainsbury实验室、德国马普研究中心、荷兰瓦赫宁根大学等欧美100多所知名高校和研究所建立了长期的合作关系，为培养具有国际视野的高素质青年教师和研究生，推动世界一流学科的建设与发展，搭建了良好的国际交流与合作平台。
